南宁市中医医院始建于1956年，原名为南宁市联合诊所管理委员会，属于集体所有制，1960年更名为南宁市联合中医院，1972年更名为南宁市中医院, 1986年7月转为全民所有制医院，2012年更为现名。
    1999年8月9日至11日，自治区中医医院分级管理委员会根据我院的申请，按照国家中医药管理局制定的《中医医院分级管理办法与标准》、《中医医院分级管理标准评分细则》对我院进行了全面评审。1999年8月17日，自治区卫生厅下发桂卫中[1999]10号文，批准我院为二级甲等中医医院。
    2001年6月1日，经南宁市社会医疗保险管理中心审查同意，我院获得“南宁市城镇职工基本医疗保险定点医疗机构”资格认定。
    2004年9月2日，我院被自治区社会保险事业局确认为中区直驻邕单位职工基本医疗保险定点医疗机构。

      2010年经自治区卫生厅执业校验，获得三级中医医院执业许可。
      2011年7月通过爱婴医院评估验收。
      2011年9月通过自治区三级甲等中医医院评审验收，成为三级甲等中医院。

      2012年9月通过部国家中医药管理局三级甲等中医医院评审组专家评审。

  目前，南宁市中医院本部设在北湖北路45号，原来新华街院部作为分部照常开诊，同时在北湖秀厢路口设有社区卫生服务中心一个，在衡阳路、唐山路、和新华街各设有一个社区卫生服务站。南宁市中医院是南宁市唯一的一所集临床医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的“三级甲等”中医医院；是广西中医药大学教学医院，是自治区、南宁市城镇职工、居民基本医疗保险、新农合定点医院。南宁市中医医院浓厚的中医文化底蕴和扎实的现代化医疗技术，使其在医疗和服务上逐渐形成了自己的特色。