南宁市中医医院始建于1956年，原名为南宁市联合诊所管理委员会，1972年更名为南宁市中医院，2012年更为现名。1999年8月9日至11日，自治区中医医院分级管理委员会根据我院的申请，按照国家中医药管理局制定的《中医医院分级管理办法与标准》、《中医医院分级管理标准评分细则》对我院进行了全面评审。1999年8月17日，自治区卫生厅下发桂卫中[1999]10号文，批准我院为二级甲等中医医院。
       2001年6月1日，经南宁市社会医疗保险管理中心审查同意，我院获得“南宁市城镇职工基本医疗保险定点医疗机构”资格认定。
      2004年9月2日，我院被自治区社会保险事业局确认为中区直驻邕单位职工基本医疗保险定点医疗机构。
      2010年12月通过自治区卫生厅三级中医院执业校验评审，2010年12月31日，经自治区卫生厅批准，获得三级中医院执业许可
      2011年7月顺利通过自治区卫生厅爱婴医院的评估验收。
      2011年9月顺利通过自治区卫生厅三级甲等中医院评审验收，2011年9月19日获自治区卫生厅批准为三级甲等中医院。
      2012年8月28日更名为南宁市中医医院。
      2013年1月，我院荣获国家中医药管理局授予的“三级甲等中医医院”牌匾。
      2014年，我院成为自治区“十二五”中医肿瘤重点专科培育项目单位和广西中医药防治肿瘤专科创新平台成员单位。

      2015年3月18日，南宁市中医医院成为广西中医药大学附属南宁市中医医院。

      2015年4月10日，南宁市中医医院获得“2014年度城镇基本医疗保险A级定点医疗机构”资格。
      2016年，医院荣获“2015年度基本医疗保险定点医疗机构分级管理优秀单位”称号。
      2016年4月21日，南宁市中医医院被确定为国家中医住院医师规范化培训基地广西中医药大学第一附属医院的协同基地，承担着南宁市区域内中医住院医师规范化培训任务。

      2017年3月6日，我院骨伤科获广西中医药管理局重点专科。
      2017年6月16日 我院成为“广西中医药发展联合体”的副理事长单位。
      2017年7月2日，我院获广西医疗服务百姓口碑榜（南宁）公益先锋奖。
 
      2017年7月24日， 我院院长岳进、副院长李洪波、脑病一科主任谭凯文、新华妇科主任易蕾、骨科大科主任郑茂斌共5位同志获“第一届南宁市名中医”荣誉称号。
      2017年8月17日，新华分院妇科主任易蕾同志获“全国卫生计生系统先进工作者”荣誉称号。
      2017年， 我院荣获2016年度市直企事业单位档案工作优秀等级单位。
      2017年12月28日，医院荣获得国家第二批住院医师规范化培训基地称号。
      2018年1月12日，我院副院长李洪波，骨科大科主任郑茂斌两位中医专家获第三批“广西名中医”称号。

2018年11月1日，南宁市中医医院确定为南宁市第一批急性脑卒中救治定点医院。

2019年3月30日，3月30日，香港艾力彼医院管理研究中心公布2018届中国医院竞争力排行榜，南宁市中医医院跻身中国中医医院竞争力排行榜300强医院，位列第252名。

2019年9月6日，新华分院经自治区卫健委核准为三级医疗机构，归属于南宁市中医医院，其医疗服务、行政事务和财务管理等工作，由南宁市中医医院统一管理。

2019年10月21日，经医院办公会研究决定，原南宁市中医医院总院命名为：南宁市中医医院北湖院区，简称：北湖院区；原南宁市中医医院新华分院命名为：南宁市中医医院新华院区，简称：新华院区。

2019年10月30日，南宁市中医医院荣获“第三十批南宁市文明单位名单”称号。

 2019年11月14日，根据南宁市行政审批局《注销行政许可证件决定书》（南审批文（销）字〔2019〕0049号）文件，决定注销南宁市中医医院新华分院《医疗机构执业许可证》。

2019年12月27日 ，南宁市中医医院顺利通过国家中医药管理局三级中医医院等级评审，评审结论为：三级甲等；编号为：ZYSJ320003。

2020年9月29日，医院脾胃病科、妇产科成为自治区级中医重点专科。（桂中医药医发〔2020〕21号）

2020年10月21日 ，医院脑病科被确定为广西中医药重点学科建设点，妇科被确定为广西中医药重点培育学科建设点。建设周期为5年，即2020然后12月至2025年11月。（桂中医药科教发〔2020〕14号）

2021年1月15日，医院通过2020年度中医师规范化培训基地现场评估（复评）。

2021年4月22日，老年病科、肺病科列为2021年广西中医重点专科建设项目，分别获项目资金30万。（桂中医药发〔2021〕7号）

2021年5月6日，肺病科被列为南宁市第四周期医学重点培育学科（特色学科）--(南卫医〔2021〕4号)

2020年9月18日上午10时，南宁市中医医院发热门诊综合楼项目正式开工建设。于2021年3月竣工并正式投入使用。

2021年6月8日，自治区医疗保障事业管理中心确定南宁市中医医院为基本医疗保险基金监管方式创新试点单位。

2021年6月25日，南宁市中医医院新华国医堂被确定为2021年广西中医药文化宣传教育基地。（桂中医药发〔2021〕13号）

      南宁市中医医院北湖院区位于广西壮族自治区首府南宁市北湖北路45号，另设新华院区于南宁市新华路28号。同时在北湖秀厢路口设有秀厢社区卫生服务中心一个，在衡阳路、唐山路、和新华街分别设有衡阳北社区卫生服务站、唐山社区卫生服务站、高峰社区卫生服务站。

南宁市中医医院是一所集临床医疗、科研、教学、预防、保健、康复、制剂、养老于一体的三级甲等中医医院，是广西中医药大学附属医院，自治区、南宁市城镇职工及南宁市城乡居民基本医疗保险定点医院，国家第二批中医住院医师规范化培训基地，第一批南宁市急性脑卒中救治定点医院，广西中医药文化宣传教育基地，南宁市文明单位。先后获得中国卫生管理创新医院、中国中医医院竞争力排行榜300强医院、广西医疗服务百姓口碑榜（南宁）公益先锋奖等荣誉。